区别：PCIe实质上就是一种高速IO，而DMA（direct memory access）的主要作用是做大规模的数据搬运。PCIe有规定的协议、数据包格式、时钟配比、电压规范，不同的PCIe设备之间理论上是可以互相通信的，DMA并没有绝对规范的接口协议，DMA一般都集成在片内。
PCIe实质上就是一种高速IO，而DMA（direct memory access）的主要作用是做大规模的数据搬运。
PCIe有规定的协议，数据包格式，时钟配比，电压规范，不同的PCIe设备之间理论上是可以互相通信的，DMA并没有绝对规范的接口协议，大部分公司的DMA一般都对接私有总线，所以DMA一般都集成在片内。
综上所述，PCIe的input/output ，基本都对接IO，而DMA的input/output，对应的是诸如noc之类的片内总线。
上面说的是PCIe和DMA的区别，我们进一步抽象，将他们的实现细节全部悬置起来，最后会发现，PCIe对应的是一种具有完整规定性的总线协议，而DMA对应的其实只是一种功能本身，即Direct Memory Access，除此之外并没有给出更多的规定性。至于DMA是对接的是何种总线，如何设置src/dst address，可以工作在主频多少的系统中，能够容纳outstanding的个数是多少，不好意思，各家公司的实现都不相同，无可奉告。
回到问题本身，PCIe和DMA传输有区别吗？不知这里问的是对host/device的memory访问吗？仅仅只是从数据传输的结果来看，二者没有任何区别，DMA能做的，PCIe都能做。但是，如果从效率上来看，DMA的效率无疑远远高于PCIe。
首先，以访问device memory为例，pcie作为master发起了，将memory A中的数据copy到memory B中的访问，需要copy的data大约是1GB，需要将A中的数据读出，再写到B中。假设pcie一次读访问的return data非常多是4KB（具体多少我不记得了……），读请求从IO进入，经noc，到cache，如果cache miss，则再进入memory controller（总共读的数据量太大，所以一定会去memory，别想逃），经ddr，到达dram，数据读出，再一路返回，如此过程重复250000次……然后再以类似的过程发起写请求，不过pcie的write tlp是posted的，所以，不需要等response，理论上会快不少。但是，在此过程中，你的pcie总线可是被memory访问的工作全程占用的！host可是需要用它进行系统管理的，这种“搬砖”的活岂能让你这么玩？
接下来我们看用片内dma，访问由dma发起，直接经内部总线，到cache，到memory controller（如果cache miss的话），到ddr 和 dram ，然后！不需要等到所有的read return全回来，只要有数据返回，dma会直接将它写到目标地址中去（路径同上），全程的bubble很小，带宽利用率极高。而且，一般片内会有多个dma！可以同时做这种数据搬运的工作！同时，dma的访问是直接在片内发起的，省去了从IO到noc这一段的path delay，这一读一写，效应更明显了（当然在outstanding的读和写中，这一段path delay的影响可能不会很大）。别以为pcie的速度有多快（gen5能到32GT/s），IO的速度即使再快，和片内这种大规模并行总线相比仍然只是弟弟，关键是此时pcie可以更多的聚焦于系统管理的任务（而不是琐碎的存储操作），整个系统运行的效率，大大提升。
最后，很多pcie controller本身也包含了dma功能（host和device做memory交互时很常见），比单纯地使用pcie发读TLP + 写TLP的方式确实要高效多了。但是和片内DMA比，只能说…仍然还是个弟弟。术业有专攻，pcie很强大，主要强在通用性，兼容性，以及背靠x86庞大的生态系统，但在很多特殊场景中，不见得有多么高效。
延伸阅读：
什么是PCIe？
PCI-Express(peripheral component interconnect express)是一种高速串行计算机扩展总线标准，它原来的名称为“3GIO”，是由英特尔在2001年提出的，旨在替代旧的PCI，PCI-X和AGP总线标准。
PCIe属于高速串行点对点双通道高带宽传输，所连接的设备分配独享通道带宽，不共享总线带宽，主要支持主动电源管理，错误报告，端对端的可靠性传输，热插拔以及服务质量(QOS)等功能。
PCIe交由PCI-SIG（PCI特殊兴趣组织）认证发布后才改名为“PCI-Express”，简称“PCI-e”。它的主要优势就是数据传输速率高，而且还有相当大的发展潜力。
PCI Express也有多种规格，从PCI Express x1到PCI Express x32，能满足将来一定时间内出现的低速设备和高速设备的需求。PCI-Express的接口是PCIe 3.0接口，其比特率为8Gbps，约为上一代产品带宽的两倍，并且包含发射器和接收器均衡、PLL改善以及时钟数据恢复等一系列重要的新功能，用以改善数据传输和数据保护性能。
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