工程项目管理系统的功能模块有以下几点：1、项目管理体系；2、项目合同管理；3、项目计划进度管理；4、工程施工报表；5、工程质量安全管理；6、资金管理。工程项目管理系统按照业主委托，对工程项目的组织实施进行全过程或若干阶段的管理和服务。
1、项目管理体系
工程项目管理系统的项目管理体系包括整个集团的项目管理组织，项目基础信息，WBS构建的基础体系信息，工程概算基础体系信息，工程物资基础体系信息等。
2、项目合同管理
通过工程项目管理系统建立规范的合同模版、建立规范的合同审批、合同变更审批、合同价款支付、结算审批等流程管理，建立流程与业务数据的控制关系，实现项目合同管理的规范化。
3、项目计划进度管理
进度控制是基建工程管理的主线，以企业体系结构(EPS)-项目(Project)-工作分解结构(WBS)-作业(Task)逐层自上而下分解，进行工程项目的计划安排和调整、资源配置和优化。
4、工程施工报表
工程项目管理系统对大修、技改、基建工程量数据实时反映，以及对合同的执行情况进行分析，编制施工报表，统计生成各类统计月报、年报,支持形象进度自动生产凭证。
5、工程质量安全管理
工程项目管理系统以工程过程控制为焦点，以建设施工、验收及验评标准、ISO9000 系列标准为依托，在辅助业主、监理、施工单位建立完善的质量体系结构的基础上，对设备材料质量、施工质量签证、验评、不合格项整改、质量验收等业务进行有效的管理。
6、资金管理
工程项目管理系统通过项目概算与WBS的结合，根据项目进度计划及工程合同，自动生成资金计划和资金支付计划，实现项目资金的计划管理，为整个集团的资金计划及项目融资管理提供信息支持。
延伸阅读：
工程项目管理系统的管理方式
项目管理服务（PM） 是指工程项目管理企业按照合同约定，在工程项目决策阶段，为业主编制可行性研究报告，进行可行性分析和项目策划；在工程项目实施阶段，为业主提供招标代理、设计管理、采购管理、施工管理和试运行（竣工验收）等服务，代表业主对工程项目进行质量、安全、进度、费用、合同、信息等管理和控制。工程项目管理企业一般应按照合同约定承担相应的管理责任。
项目管理承包（PMC） 是指工程项目管理企业按照合同约定，除完成项目管理服务（PM）的全部工作内容外，还可以负责完成合同约定的工程初步设计（基础工程设计）等工作。对于需要完成工程初步设计（基础工程设计）工作的工程项目管理企业，应当具有相应的工程设计资质。项目管理承包企业一般应当按照合同约定承担一定的管理风险和经济责任。
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