常见的肿瘤数据库包括什么

肿瘤数据库是医学研究的重要工具，主要用于收集、整理和分析肿瘤相关的临床和基因数据。常见的肿瘤数据库主要包括：TCGA(The Cancer Genome Atlas)、ICGC(International Cancer Genome Consortium)、COSMIC(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer)、CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia)、Oncomine、cBioPortal、GDC(Genomic Data Commons)、CancerMine、CancerGenomeInterpreter、PedcBioPortal等。其中，TCGA是全球最大的公开肿瘤数据库，收录了来自33种主要癌症的大量临床和基因数据，这些数据可用于研究癌症的基因变化、表观遗传学、蛋白质表达以及临床结果。

一、TCGA(THE CANCER GENOME ATLAS)

TCGA是由美国国立癌症研究所(NCI)和美国国立人类基因组研究所(NHGRI)共同发起的项目，目的是通过大规模的基因组测序技术，揭示人类癌症的基因变化。TCGA数据库收录了33种主要癌症的临床和基因数据，包括基因突变、拷贝数变异、甲基化、mRNA和miRNA表达、蛋白质表达等多层次的信息。TCGA数据库对于癌症的基因变化、表观遗传学、蛋白质表达以及临床结果的研究具有重要价值。

二、ICGC(INTERNATIONAL CANCER GENOME CONSORTIUM)

ICGC是一个全球性的合作项目，旨在系统地研究50种常见的或者临床上重要的肿瘤类型的基因图谱。ICGC数据库收集了全球范围内的肿瘤样本的基因组、转录组和表观基因组数据，为研究癌症的基因变化提供了丰富的资源。

三、COSMIC(CATALOGUE OF SOMATIC MUTATIONS IN CANCER)

COSMIC是由英国桑格研究所(Sanger Institute)建立的，是世界上最全面的人类癌症相关突变信息数据库。COSMIC数据库包含了大量的癌症基因突变信息，对于研究癌症的基因突变和治疗目标发现具有重要的参考价值。

四、CCLE(CANCER CELL LINE ENCYCLOPEDIA)

CCLE是由美国癌症研究所和百特公司共同建立的癌细胞系数据库。CCLE数据库收集了1000多种癌细胞系的基因组、转录组、蛋白质组等多层次的数据，为研究癌细胞的生物学特性和药物敏感性提供了丰富的资源。

五、ONCOMINE

Oncomine是一种在线的癌症微阵列数据库，可以用于全球范围内的癌症基因表达数据的比较和分析。Oncomine数据库包含了来自全球范围内的大量癌症基因表达数据，对于研究癌症的基因表达模式和发现新的癌症标记物具有重要的参考价值。

六、CBioPortal

cBioPortal是一个开源的癌症基因组数据的可视化工具，可以用于多种癌症基因组数据的整合和分析。cBioPortal数据库包含了来自TCGA、ICGC等多个大型癌症基因组项目的数据，对于研究癌症的基因变化和网络具有重要的参考价值。

七、GDC(GENOMIC DATA COMMONS)

GDC是由美国国立癌症研究所(NCI)建立的一个癌症基因组数据共享平台。GDC数据库整合了来自TCGA、TARGET、CGCI等多个大型癌症基因组项目的数据，对于研究癌症的基因变化和临床结果具有重要的参考价值。

八、CANCERMINE

CancerMine是由加拿大不列颠哥伦比亚大学创建的一个癌症基因-表型关系数据库。CancerMine数据库收集了大量的癌症相关基因的功能和表型信息，对于研究癌症的基因功能和发现新的癌症标记物具有重要的参考价值。

九、CANCERGENOMEINTERPRETER

CancerGenomeInterpreter是一个在线的癌症基因组解析工具，可以用于识别癌症样本中的驱动突变和治疗目标。CancerGenomeInterpreter数据库收集了大量的癌症基因突变信息和药物敏感性数据，对于研究癌症的基因突变和个体化治疗具有重要的参考价值。

十、PEDCBioPORTAL

PedcBioPortal是一个专门用于儿童癌症基因组数据的可视化和分析的平台。PedcBioPortal数据库收集了大量的儿童癌症基因组数据，对于研究儿童癌症的基因变化和临床结果具有重要的参考价值。

相关问答FAQs：

1. 什么是肿瘤数据库？

肿瘤数据库是指集中收集和存储关于肿瘤的临床、基因组学、遗传学等相关数据的电子资源。这些数据库通常包含大量的肿瘤患者的临床信息、基因组学数据、转录组数据、蛋白质组数据等。通过对这些数据进行分析和挖掘，可以帮助科研人员和医生更好地了解肿瘤的发生机制、诊断方法和治疗策略，从而提高肿瘤的预防和治疗水平。

2. 常见的肿瘤数据库有哪些？

目前，有许多公共和私人的肿瘤数据库可供科研人员和医生使用。以下是几个常见的肿瘤数据库：

• The Cancer Genome Atlas（TCGA）：TCGA是一个由美国国立卫生研究院（NIH）和美国癌症研究所（NCI）共同资助的项目，旨在通过对多种癌症类型的基因组学数据进行系统性分析，揭示肿瘤发生和发展的分子机制。

• Genomic Data Commons（GDC）：GDC是由美国国立卫生研究院（NIH）和美国癌症研究所（NCI）建立的一个集中存储和共享癌症基因组学数据的数据库。它包含来自TCGA和其他项目的多种类型的癌症基因组学数据。

• International Cancer Genome Consortium（ICGC）：ICGC是一个全球性的合作项目，旨在通过对多种癌症类型的基因组学数据进行系统性分析，揭示肿瘤发生和发展的分子机制。该项目涉及多个国家和地区，收集了来自不同类型癌症的基因组学数据。

• cBioPortal：cBioPortal是一个用于可视化和分析肿瘤基因组学数据的在线平台。它集成了多个公共数据库的数据，包括TCGA和ICGC等，用户可以通过该平台查看和分析不同类型癌症的基因组学数据。

3. 肿瘤数据库对研究和临床有什么意义？

肿瘤数据库对肿瘤研究和临床具有重要意义。首先，它们提供了大量的肿瘤患者的临床信息和基因组学数据，帮助科研人员和医生深入了解不同类型肿瘤的特点和发展机制。其次，通过对肿瘤数据库的分析和挖掘，可以发现新的肿瘤标志物、靶向治疗靶点和预测肿瘤患者的预后等。最后，肿瘤数据库可以促进科研人员之间的合作和数据共享，加快肿瘤研究的进展，为肿瘤的预防、诊断和治疗提供更多的科学依据。